統合データベース探索のフレームワーク「TogoDX」を利用した「TogoDX/Human」をv1.2にアップデートし、新規Attribute追加およびデータ更新をしました
2023. 09. 05 /
TogoDX/Humanは、データの統合的な利活用を行うための新しいアプリケーションのヒトデータ版として公開しています。
このたび、UIの更新や新機能の追加などを行い、 TogoDX/Human v1.2として公開しました。また、新たに1種類の属性(Attribute)を追加し、既存のAttributeのもとになるデータソースのうち16種類についてもデータ更新(v2023-09)を行いました。
TogoDX/Human v1.2におけるアップデートの概要
- UI更新・機能追加
- 表示するAttributeを取捨選択できる機能およびPresetの新設
- 2023年8月時点で65のAttributeが表示できますが、必ずしもすべてのユーザーにとって必要な情報ではない場合があります。そこで、初期状態ではあらかじめ選択された代表的なAttributeのみが表示されるようになりました。また、カテゴリー毎にAttributeを追加したり、Attributeのプリセットを選択することでユーザーの目的に合ったAttributeをカスタマイズして表示することができます。
- 深い階層のTermを検索可能なオントロジーブラウザ
- Gene Ontologyに代表されるような深い階層構造を持つデータセットの場合、従来は親のTermから一つずつ辿る必要がありましたが、今回追加されたオントロジーブラウザによるキーワード検索機能により、目的のTermの検索が簡単になり、すばやく到達できるようになりました。
- Filterを組み合わせた探索結果をプレビューできる機能
- FilteringやProjectionの操作を行うと、画面下方に条件を満たすデータセットIDのプレビューの表が現れます。条件を追加するごとに随時カラムが追加されるため、より手軽にさまざまな探索条件を試すことができます。
- JSONファイルによる探索条件の保存・共有機能
- 表示するAttributeを取捨選択できる機能を利用してカスタマイズされた画面表示やそれを元に作成された探索条件は、JSON形式ファイルとして保存することができます。また、これらのJSONファイルを他のユーザーと共有して探索条件を再現することができます。
- 表示するAttributeを取捨選択できる機能およびPresetの新設
TogoDX/Human の新規Attribute追加およびデータ更新の概要 (v2023-09)
- 新規Attribute
- Disease
- Mode of inheritance
- Disease
- データ更新
- ATC (2022AB)
- ChEBI (Release 219)
- ChEMBL (CHEMBL32)
- ClinVar (2023-03-06 updated)
- Ensembl (human release 109)
- GWAS Catalog (2023-03-29 updated)
- HPO (2023-01-27)
- MEDGEN (2023-03-14)
- MeSH (2023-03-07 updated)
- Mondo Disease Ontology (v2023-03-01)
- NANDO (1.0.0)
- PubChem (1.8.0 beta)
- Rhea (release 126)
- UBERON (2023-03-15)
- UniProt (release 2023_01)
- PDB (2023-03-15 updated)
研究者の皆さま、特にバイオインフォマティクスに関わる方々のご利用と、今後の改善に向けたご意見をお待ちしています。